Nach seiner Studienzeit in Münster und Zürich arbeitete Dominik Bettenworth als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Medizinischen Klinik B des Universitätsklinikums Münster und übernahm dort 2012 parallel zu seiner ärztlichen Tätigkeit die Leitung des Labors „Gastrointestinale molekulare Immunologie“. 2016 wurde er zum Oberarzt für die Bereiche Endoskopie und Sonographie an der Medizinischen Klinik B bestellt und war zudem als Bereichsleiter für Hochschulambulanz sowie Studienambulanz für Chronisch entzündliche Darmerkrankungen verantwortlich. 2018 wurde er zum außerplanmäßigen Professor für Gastroenterologie ernannt. Seit 2020 ist der Gastroenterologe in Münster niedergelassen.

Dominik Bettenworth engagiert sich in zahlreichen gastroenterologischen Arbeitsgruppen und Fachgesellschaften, u.a. als gewählter Länderrepräsentant Deutschlands bei der Europäischen Crohn und Colitis Organisation (ECCO), als Board-Mitglied der German IBD Study Group (GISG) und als Mitglied der Teaching faculty der (DGVS).

Er hat mehr als 100 pubmed-gelistete Publikationen zum Thema CED veröffentlicht und ist Mitautor mehrerer nationaler und internationaler CED-Leitlinien (einschließlich ECCO und STRIDE-2 Consensus).