Nach dem Abschluss seines Medizinstudiums an der Medizinischen Hochschule Hannover begann Dr. Wattjes 2001 sein Praktikum an der Klinik für Neurologie des Universitätsklinikums Bonn, wo er 2002 auch seine Facharztausbildung für Radiologie an der Klinik für Radiologie fortsetzte.
Während seiner Assistenzzeit begann er seine Forschungsaktivitäten auf dem Gebiet der Hochfeld-MRT-Anwendungen in der Neuroradiologie und richtete dabei sein Fokus insbesondere auf neuroinflammatorische Erkrankungen wie Multiple Sklerose.
Unterstützt durch das Austauschprogramm der European Society of Neuroradiology begann er 2007 ein Forschungsstipendium am MS and Alzheimer Center des VU University Medical Center in Amsterdam. Später wurde er Clinical Fellow Neuroradiology und 2009 zum Leitenden Radiologen ernannt.
Im Juli 2017 trat er seine Stelle als leitender Oberarzt an der Klinik für Neuroradiologie der Medizinischen Hochschule Hannover an.
Seine primäre Forschung und sein klinisches Interesse umfassen neuroinflammatorische und neurodegenerative Erkrankungen sowie die Neuroonkologie.
Er ist Gutachter für mehrere hochkarätige Zeitschriften und Institutionen wie den Medical Research Council, UK, und das Bundesforschungsministerium in Deutschland.